Jomli nie mozesz instalowac w podktalogach zawsze musi to byc root, przynajmniej ja takie miałem kłopoty, dlatego albo miałem kilka domen albo subdomeny, wiec jesli chcesz na tej domenie procz glownej strony miac cos jeszcze na jomli zalecam utworzenie dodatkowej subdomeny i przekieronie linkim nie na podkatalog i inndex.php (na przykład) tylko na subdomene .. tak mi sie wydaje ze powinno dzialac wszystko ;))

Pozdrawiam

a jak nprwiłes menu z lewej strony ;))