Jak pisal nexus, aktualizacja tabeli nie poprawi.
Rozwiązanie (skrótowo):
1. Stwórz w phpMyAdminie kopię starej tabeli
2. Usuń z kopii starej tabeli nadmiarowe pola (łatwo porównać z sql-em z pakietu instalacyjnego)
3. Przeprowadź migracje
4. Po migracji - zamień tabelę na kopię, w kopii dodaj brakujące pola