Nie wiem, czy pomoże. To Ty sugerujesz, że problem tkwi w prawach dostępu. Równie dobrze może to być schrzaniony skrypt albo zepsuta instalacja Joomla! Przypadki pobierania z serwera pliku index.php zamiast wykonywania skryptu, jakie mi się zdarzały, nigdy nie miały źródła w prawach dostępu.