Przeglądarki IE 5 i IE 6 tylko z powodów znanych Microsoftowi inaczej niż pozostałe przeglądarki interpretują sumę atrybutów margin i padding. Do tego często dodają dodatkowe 3px. Jeśli suma długości bloków zewnętrznych (width) będzie większa choćby o 1px od długosci kontera, w którym te bloki się znajdują, to naturalną konsekwencją (dla IE) jest „upadanie” ostatniego bloku zapisanego w kodzie szablonu. Musisz przeanalizować układ strony. W Twoim przypadku będzie to trochę skomplikowane, ponieważ długosci bloków zewnetrznych masz wyrażone w procentach, a bloki wewnetrze (left, right) w pikselach.