JCE to, jak się nie mylę, nakładka na TinyMCE.
Ten drugi błąd ( Wiersz: 13 ), jest raczej spowodowany tym pierwszym. Dlatego na Twoim miejscu bym tam nie szukał. JavaScript ma to do siebie, że w przypadku napotkania błędu przerywa wykonywanie skryptu. W wyniku czego funkcja tinyMCEPopup nie została zdefiniowana.
Bez linka wiele Ci nie pomogę. Jedyne co mi do głowy przychodzi to że w pliku tiny_mce_popup.js są jakieś śmieci.
Przejrzyj ten plik i zobacz czy nie ma tam jakiś dziwnych znaków.
Spróbuj podmienić ten plik oryginalnym z paczki instalacyjnej.
Podepnij ten plik do posta jeżeli Twoja strona taka tajna jest.
Pozdrawiam,
Radek