Ja to zrobiłem tworząc dwa moduły:
w jednym (mod_custom) jest słowo wyloguj podlinkowane tak: 'index.php?option=com_user&task=logout'
w drugim (mod_mainmenu) jest po prostu link do logowania
a żeby sie jeden pojawiał a drugi znikał to musiałem użyć "Advanced Module Manager" - rewelacyjne narzędzie, aż dziw że wcześniej nie znałem, polecam