Dymki podpowiedzi - to chyba były od początku takie zjechane, czyż nie ? Dopiero od kolejnych wersji to skutecznie naprawili.

Z tego co patrzę w konfiguracji, to jedynie wydarzeniom można było zmienić format czasu z 12 do 24h /zakładka Wydarzenia w Konfiguracji/
A w zakładce "Układ" z kolei jest pole "Format daty w profilu" - dostępne ustawienia są tutaj: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...on_date-format

i to tyle, chyba ostatnio się coś zmieniło, ale Ty i tak masz starą wersje.