Podczas odtwarzania z kopii (Akeeba Backup) masz możliwość wpisania nowych danych do bazy - więc nie widzę problemu. Jak już przeprowadzić import to zajrzyj do bazy (phpMyAdmin) czy masz w niej tylko tabele od Twojej strony (poznasz po przedrostku tabel) resztę możesz usunąć.