Nie wiem skąd masz problemy. Ja mogę dowolnie żonglować stronami na linuxpl.com i nie mam problemów z prawami do plików i katalogów.
Instalowałem u siebie strony tworzone na serwerze lokalnym oraz strony innych właścicieli. Kopie pochodziły z archiwum Akeeba (format jpa) i obyło się bez najmniejszych kłopotów.