Tak różnią się. Różnic jest wiele, ale dotyczą one składni php oraz częściowo css.
Każdy szablon można konwertować do J2.5 - ale na ogół jest to długotrwałe, chyba że chodzi o szablony tworzone dla J1.6 i J1.7 te w 99% działają bez zarzutu pod nową wersją.

Domyślam się że znasz Firefox-a, on ma szablony zmieniające jego wygląd - podobnie jak są szablony dla Joomla, tyle że dają więcej możliwości.
Z kolei rozszerzenia dla J! zwiększają funkcjonalność strony tak jak dodatki do Firefox-a poprzez analogię.