Jak ustawiłem ścieżki do katalogów w configuration.php to okazało się że w panelu administracyjnym dalej są inne... Po zmianach zainstalowałem aktualizację joomli z paczki, ręcznie.
Ponadto znalazłem dużo błędów w linkowaniu wewnątrz serwisu. Więc to zdecydowanie problemy migracyjne. Na ten moment wygląda, że wszystko już jest OK.
Dzięki.