Dzieje się tak ponieważ artykuły kliknięte ze strony głównej mają takie same Itemid jak strona główna.
Joomla trakuje wówczas artykuł jako pozycję menu strony głównej.
Najprostszym rozwiązaniem jest dodać warunek do modułu lub pozycji modułu w szablonie - żeby pokazywał zawartość tylko jeśli layout == blog (jesli na głównej jest blog)