Poradziłem sobie. Pobrałem cały quickstart Helix 3. W paczce był Helix 3 system, który spakowałem do zip-a i zainstalowałem. To nie rozwiązało powyższego problemu, niestety.
Ostateczne rozwiązanie znalazłem na forum joomshaper.com. Tam był opisany ten przypadek - błąd w pliku layout.admin.js. Po zmianie jednego parametru, spokojnie przeprowadziłem aktualizacje do 3.6.2 i teraz już wszystko działa jak należy.
Wszystkim bardzo dziękuję