Zarchiwizować wszystkie pliki i zawartość bazy danych
Co rozumiesz przez dysk: dysk/folder na komputerze czy inne miejsce na serwerze?
Jeżeli chcesz z serwera przekopiować na komputer z Windows to ostrożnie, potencjalnie mogą się pojawić problemy z wielkością liter w nazwach plików/folderów, z uprawnieniami itp. Dodatkowo kopiowanie przez FTP dużej ilości plików będzie czasochłonne.
Optymalnie byłoby wykonać na serwerze archiwum (np. tar.gz) i dopiero to archiwum pobrać.
Same pliki to za mało - patrz wyżej.
Akeeba tworzy archiwa we własnym formacje (jpa, zbliżony do zip tylko bez sum kontrolnych), w archiwum oprócz plików jest zawartość bazy danych i skrypty (instalator 'angie'). Jeżeli odzyskujesz od zera to musisz jeszcze pobrać i wrzucić na serwer kickstart
Pewnie są np. jakieś inne komponenty, ale wymieniłeś 2 główne metody.
Nie ma "najlepszej", dużo zależy od sytuacji/konfiguracji.
Myślę że akeeba może być lepszym wyborem dla mniej zaawansowanych użytkowników i/lub dla rozbudowanych witryn z ograniczonym dostępem do serwera (bez shella): poradzi sobie z eksportem i importem dużych baz danych i z utworzeniem dużych archiwów.
Z drugiej strony to 'automat' nad którym nie masz pełnej kontroli.
Na koniec: dobrze sobie testowo odtworzyć taki backup zanim się straci dostęp do źródła.
A.