Szkoda twojego czasu. Robię migracje i nie potrzeba pozbywać się wirusów w plikach Starej joomla 1.5.x. Porównujesz katalogi Joomla 1.5 z tymi co masz w głównym katalogu Joomla migrowanej i tylko te przenosisz, które są wgrane dodatkowo. Usuwasz wtedy z nich wszystkie pliki php bo zazwyczaj znajdują się tam pliki graficzne lub pdf i już masz tak jakby problem z głowy, a migracje robisz z bazy. Migrator nie potrzebuje innych plików starej joomla aby działał. Czasem tylko wrzuca się stary plik konfiguracyjny z którego migrator pobierze parametry. Wiesz już o co biega?