Temat można oznaczy jako rozwiązany ponieważ udało mi się w końcu dojść co należy zrobić, żeby pojawiły się kategorie.
W pierwszej kolejności pragnę podziękować wszystkim biorącym udział w konwersacji za pomysły i naprowadzania, dzięki czemu udało się w miarę szybko namierzyć w czym problem.

Jeśli ktoś spotka się z podobną sytuacją, że będą mu się wyświetlać artykuły, ale kategorie z menu nie, to wystarczy w pierwszej kolejności wejść w zakładkę kategorie wybrać kategorię, która wyświetla taki komunikat, następnie zmienić dostęp z public na jakikolwiek inny np. super user zapisać i zamknąć. Następnie wejść ponownie i zmienić dostęp na public, zapisać i zamknąć. Taką samą operację ze zmianą dostępu należy wykonać w menu dla danej kategorii.

Mała uwaga, w menu należy przed wykonaniem tej operacji usunąć tagi dla danej kategorii. Kiedy dana kategoria się pojawi można przypisać ponownie tagi.

Druga uwaga to taka, że w moim przypadku czyszczenie cache nic nie dało i musiałem odczekać kilka godzin aby kategorie się pojawiły. Może jest to zależne od ustawień serwera, nie wiem.