Rozwiązałem ten problem metodą prób i błędów.

Zadziałało to:

RewriteRule ^index\.php/(.*) $1 [NS,NC,L,R=301] ---> Przekierowało podstrony z mojastrona.pl/index.php/oferta/usługa na mojastrona.pl/oferta/usługa


########## Begin - Redirect index.php to / ----> Przekierowało główną mojastrona.pl/index.pl na mojastrona.pl
RewriteCond %{THE_REQUEST} !^POST
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteCond %{SERVER_PORT}>s ^(443>(s)|[0-9]+>s)$
RewriteRule ^index\.php$ http%2://mojastrona.pl$1 [R=301,L]
########## End - Redirect index.php to /

Może komuś się przyda