Hmmm, no ciekawie.
Wyłącz strone (by ci nikt w trakcie nie wchodził)
Dobra, zrób kopię zapasową strony (polecam Akeeba Backup, zrób sobie zipa).
Wykonaj kopię samej bazy danych z PhpMyAdmina w formacie sql lub zip.
Teraz odinstaluj VM. Wywal kompletnie wszystko co jest z nim związane: komponent, wtyczki, moduły, dane, nadpisywanie szablonem (spokojnie, masz przecież kopię zapasową ;) )
Wyczyść cache w Joomli.
Usuń wyczyść cache i historię w przeglądarce.
Teraz spróbuj zainstalować VM zupełnie od nowa i sprawdź czy będzie działać.
Jak zadziała to upewnij się, że zainstalowały się odpowiednie wtyczki i moduły.
Skopiuj z kopii zapasowej pliki produktów i ewentualnie napisanie szablonów.
Teraz podmień bazy danych - użyj kopii zrobionej PRZED usunięciem VM.