Nie ma sprawy Dodam jeszcze tylko to czego zabrakło w mojej poprzedniej wypowiedzi: jeśli używasz JCE to możesz ustawić by pozwalał na dodawanie js script w treści.
Zaplecze -> Komponenty -> JCE -> Profiles -> (aktywny profile) -> Editor parameters -> Advanced: http://prntscr.com/msl5ce
Dzięki temu po wstawieniu kodu js w trybie wyłączonego edytora lub kodu i przełączeniu z powrotem w tryb WYSIWYG kod NIE zostanie usunięty.