Z tego co rozumiem chcesz mieć kopie szablonu odporna na aktualizacje, prawda?
To znaczy, że musisz wyodrębnić kopie z oryginalnego systemu plików Joomli.
Jak zrobisz kopię w Joomli, na Zapleczu to nie powstanie osobny system plików szablonu tylko pojawi się kopia USTAWIEŃ... kopia stylu, nie szablonu de facto.
Zmień w linii gdzie jest template-install.dtd z 1.6 na 2.5 i spróbuj wykryć raz jeszcze.
Od wielu lat instaluję w ten sposób swój bazowy szablon bo nigdy nie chciało mi się zrobić paczki instalacyjne... a i tez nie tzreba jej robić skoro jest wykrywanie
