Nie wpłynie, ale też kodu nie musisz usuwać. Wystarczy, ze usuniesz to w widoku dla kategorii (w pozycji Layouts w konfiguracji jDownloads).
Jak najbardziej. Oczywiście jeśli użyjesz nadpisywania widoków szablonem to te nadpisanie też tzreba będzie zaktualizować. W tym wypadku ręcznie (chodzi o przypadek w którym modyfikujesz pliki widoku i umieszczasz je w szablonie Joomla w katalogu html).
Niestety trudno mi polecić bo korzystałem jedynie z jDownloads. Może ktoś inny podpowie?