W plikach nie ma raczej żadnych śmieci..sprawdzałem.. Co ciekawe wcześniej robiłem stronę lokalnie i w artykułach, które robiłem lokalnie wyświetla się łącze to mogę je edytować o osobne okno wyświetla się bez problemu..Podsumowując..błąd z otwarciem nowego okno aplikacji JCE jest wtedy gdy tworzę artykuł od nowa..natomiast istniejący artykuł mogę edytować np. edytować linki i bez problemu otwiera się drugie okno np: edycji kodu html.