rozwiązanie:
w folderze modules/mod_jflanguageselection/tmpl i w pliku odpowiedzialnym z wyświetlanie flag na stronie należy dodać pod kodem:
$langImg = JFModuleHTML::getLanguageImageSource($language); <- Ta linia była odpowiedzialna za wstawianie w kodzie backslasha.
linijkę:
$langImg = str_replace('\\', '/', $langImg); <- Ta rozwiązuje problem.