Baza wzięła się z kopi oryginału.
Działanie to miało na celu sprawdzenie czy błąd przypadkiem nie tkwi w samej Joomli, okazało się że to DB psuje mi szyki.
W konfiguracji oczywiście jest ustawiony edytor JCE (zaznaczałem to w pierwszym poście ;) )
edit:
poświęciłem niespełna 30h i odtworzyłem stronę na nowej instalacji Joomli.
Tym razem, pomimo że ten sam serwer, Joomla i dodatki/moduły/komponenty wszystko zachowuje się tak jak powinno. JCE działa bez zastrzeżeń.
Pytanie jednak pozostaje otwarte, może kiedyś uda mi się rozwiązać problem.