Może trochę odkopałem temat, ale znalazłem rozwiązanie. (w aktualizacji Joomla! 3.3.6 do 3.4.0)
Problem był ten sam, więc dziele się doświadczeniem.
Aktualizacja przebiega bez problemu, gdy w domenie w PA na Home.pl ustawienia domeny zmienimy na "Włącz przekierowanie na podkatalog bez separacji serwisu".
Po aktualizacji zmieniamy na poprzednio ustawioną opcję.