Na wstępie dziękuję, że nie przechodzisz obojętnie obok moich artykułów, dzięki takim osobom jak ty postaram się aby były jeszcze lepsze.
Postaram się odpowiedzieć na twoje pytania ale tylko na te na które znam odpowiedź i dotyczące mojego artykułu. (czyli gdzieś od połowy)

1. Instalator na samym początku sugeruje wyłączenie UAC. Sam nie wiem po jakiego grzyba i który poziom. Ja osobiście wyłączam na maksa, a po instalacji powracam do poprzedniego stanu.
2. Perla instaluję z tego samego powodu co FileZilla, -bo jest, bo może kiedyś się przyda i najważniejsze - nie przeszkadza
3. Sprawy bezpieczeństa w kolejnym artykule - w tym tylko instalacja
4. max_filesize=5000M to ustawiona tylko górna granica - nie oznacza ona, że będę ładował pliki tylko 5GB, być może nigdy nie wykorzystam tej górnej granicy, ale nie rozumiem co przeszkadza ustawienie takiej granicy? chyba komputer nie bedzie rezerwował żadnych zasobów wg tego ustawienia
5. u siebie masz ustawione inaczej i też hula - nie będę się kłucił
Kiedyś otrzymałem za zadanie dokonać zmian w ogromnym sklepie internetowym. Chciałem najpierw zrobić to lokalnie zanim coś spapram. Przetestowałem serwer zdalny i lokalnie stworzyłem identyczne środowisko. Te same ustawienia php.ini. Otworzyłem phpMyAdmin i chciałem zaimportować bazę danych sklepu i okazało się, że rozmiar pliku SQL.zip przekracza rozmiar max_filesize - ustawiłem swoje hardcorowe i wszystko przeniosło się bez zgrzytów. robiło się to chyba godzinę, ale zaskoczyło - później powróciłem do ustawień serwera zdalnego i mogłem se spokojnie testować
z tego samego powodu ustawiam takie same czasy
6. output_buffering też zmieniłem tylko dlatego, że instalator joomli tak mnie zasugerował. Nie lubię czerwonych wyróżników. Wolę wszystko na zielono.

na koniec powtórzę: ustawiam sobie hardcorowe ustawienia - instaluję wszystko co potrzeba, mieszam, testuję, grzebię w skryptach a gdy wszystko jest dopięte na ostatni guzik - przechodzę na ustawienia serwera zdalnego. Mam pewność, że w testach środowisko nie będzie mnie hamowało.