Ale z tego co mówisz to wina ustawień serwera NIE Joomla. Proste adresy są stosowane wyłącznie do frontu a domyślny htaccess nigdy nie zaszkodził samej Joomla.
Komunikat o którym wspominasz dotyczy uprawnień do bezpośredniego dostępu.
Komunikat pokazuje się w chwili kiedy uszkodzona jest sesja, zmieniły się uprawnienia użytkownika lub element został zablokowany przez inną osobę do edycji.

Poza tym piszesz o wersji 2.5.28 w dziale dla Joomla 3.x.x.