Jakieś rozszerzenie musi wywoływać zdalne ładowanie tych plików. Sprawdziłeś "components" a czy "templates" też?
Na szybko sprawdź czy zmiana na szablon Protostar coś zmienia w ładowaniu tych plików.
Ostatecznie to może być moduł lub wtyczka... czyli "modules" i "plugins".
Można też sprawdzić katalog "media".

Nic nie pisałem o deinstalcji JCE