Errr, no jak sobie coś usunąłeś przez przypadek... to musisz odtworzyć system plików.
Ale najpierw aktualizacja.

Zrób kopie zapasowa w Akeeba Backup.

Aktualizacja "ręczna" jest banalnie prosta.
Pobierasz stąd: https://downloads.joomla.org/cms/joomla3/3-9-4
Pakiet: Joomla! 3.9.x to 3.9.4 Patch Package.zip

Rozpakowujesz.

I przez FTP wrzucasz do katalogu głównego Joomla - tam gdzie jest configuration.php. I zgadzasz się na zastąpienie plików.
Potem wchodzisz na zaplecze -> Rozszerzenia -> Instalacje -> Baza danych i patrzysz czy nie ma błędów. W razie czego w lewym górnym rogu klikasz "Napraw".

Jeśli chcesz przywrócić cały system plików Joomla to pobierasz aktualny pakiet instalacyjny Joomla. Usuwasz katalog "installation" Rozpakowujesz i wgrywasz przez FTP. Zastępujesz pliki.

Jeśli to nie pomoże to tylko bezpośrednie badanie systemu przez specjalistę może pomóc.