Znalazłem rozwiązanie mojego problemu, więc opisze, może komuś się teżz przyda

W moim przypadku strona firmowa, 7 podstron, nowy dodany artykuł który miał być podstroną w prostym adresie joomla dodawała id i nazwę kategorii (tak jak zwykle się dzieje) dla przykładu:

http://ekowiert.com/2-main/15-studnie-glebinowe.html , a miało być tak jak pozostałe poddziały domena/nazwa podstorny czyli w tym przypadku: http://www.ekowiert.com/studnie-glebinowe.html

Zauważyłem że w pozycje menu nie została przypisana nowa pozycja do tego artykulu z odpowiednim aliasem, wystarczyło dodać now pozycje menu > pojedynczy artykuł i ustawić alias.

Wszystko działa.