Czy sprawdziłeś listę zainstalowanych komponentów? Usunąłeś dziurawe, wymagające register globals=ON? Na podstawie opisu pozostaje jedynie zgadywanka, co może być przyczyną. Równie dobrze: niewykryty wirus (wszystkie pliki zniszczone).
Poza tym należałoby wymienić dokładnie wszystkie pliki, zarówno Joomla, jak i rozszerzeń - złośliwy kod może siedzieć w którymś z plików, i niekoniecznie to musi być wirus. Przegląd logów serwera powinien dać odpowiedź, w wyniku czego zdarzenie nastąpiło.