Problem rozwiązany. Weksportowany plik musiałem odpalić w Notepad++, przekonwertować go do UTF8, odpalić w gżegżółce i w niej przekonwertować do iso8859-2 a potem znów do utf8. Tak przerobiony plik otworzyłem ponownie w Notepadzie++, usunąłem komentarze i na zasadzie kopiuj - wklej przerzuciłem zawartość do SQL'a.
Strasznie to pokręcone, ale jakoś się udało. Jeszcze raz wielkie dzięki dla Joli za pomoc i cierpliwość, która bardzo mi pomogła w rozwiązaniu tego problemu.