dokładnie tak ! gdyby była to podstawowa biblioteka js, joomla! nikt, nie siłowałby się z nią i faktem jest, że można zrobić z mootools kilka fajnych rzeczy, jednak z jquery - robisz ich kilkadziesiąt. efektywniej i efektowniej.

poza tym tak jak wspomniałem. ja o mootools już zapomniałem, ale upodobania szanuję. dlatego każdy ma wybór, który daje mu licencjonowanie poszczególnych składników.